Maskarna är nog nematoder, och de är ofarliga. Blir lite skum när du säger att du stoppade pumparna...har du ytterfilter? Om du stoppade ytterfilterna, kan du ha fått tillfällig syrebrist i dem. När sedan det vattnet kommer ut i akvariet kan det bli problem.
Annars så föreslår jag att du kollar upp ditt vattenverk....tillsätter de några medel i vattnet?