Det bästa karantänsakvariet är ett litet "tomt" akvarium.

När man behöver använda det så tar man vatten från huvudakvariet och fyller upp karantänsakvariet till 3/4 med detta, samt 1/4 med kranvatten. Man kopplar in en cirkulationpump eller ett litet filter.
Man koppar in fiskarna i karantänsakvariet och matar försiktigt i början. En del sjukdomar yttrar sig väldigt snabbt andra kan ta en månad på sig att dyka upp. Helst bör fiskarna gå för observation i karantänsakvariet en månad, men kör man med 14 dagar och fiskarna beter sig helt normalt är risken ganska liten för sjukdomar.