Du bör nog ta ur fiskarna ur karet för att de inte ska bli så stressade... Ha dem i hinkar och byttor... Nu vet ju inte jag hur stort kar du har... men är det ett litet så kanske du kan ha fiskarna och pumpen i en stor hink...
Ta ur hälften av vattnet och byt sedan bottenmaterialet... du behöver inte ta ur allt vatten, eller rättare sagt... du bör inte ta ur allt vatten eftersom du då får en ren omstart på karet då alla bakterier försvinner. Pumpen bör du köra i en hink med vatten för att behålla bakterierna... Ju bättre lösning du har på förvaring av fiskar och pump desto bättre, eftersom du då kan vänta tills "dimman" lagt sig efter bytet... Jag tror inte fiskarna dör av att flytta in när "dimman" är kvar, däremot kan de kanske bli stressade. Fyll upp karet långsamt när du är klar, gärna under en par dar, så minskar du risken för stress...
När jag bytte bottenmaterial fick mina fiskar och pumpen bo i grannens akvarium, men alla har kanske inte så bra grannar :-)